De acuerdo con el Códice de Calkiní, el linaje de los Ah Canul procedía del Petén, Guatemala. Tzab Canul, el mayor de los nueve hermanos del linaje Canul fundó Calkiní o "garganta del sol", después de la destrucción de Mayapán, en 1441-1443 d.C.
El cacicazgo de Ah Canul fue establecido en el lugar donde había crecido una hermosa ceiba, (árbol sagrado de los mayas), llamado en su lengua "Yaxché". Al lugar lo llamaron Tuc-ca'an o "Rincón del Cielo" y se encontraba junto al Pozo Halim.
La palabra Canul significa "protector" y es el nombre de este señorío que dominaba desde la Punta Kipté en la costa norte de la península de Yucatán hasta el Río Homtún, cerca de la ciudad de Campeche. Calkiní era su poblado principal.
En 1541, Francisco de Montejo "El Mozo", sojuzgó a los descendientes de Tzab-Canul y como paradoja, la capitulación se hizo a la sombra de la misma Ceiba donde fundó Calkiní. El asentamiento humano quedó entonces en las inmediaciones de Tuc ca'an, en un lugar llamado Ca'l kin.
Al término de la conquista de los mayas, Montejo "El mozo", entregó Calkiní en Encomienda al español Don Gaspar Pacheco.
En 1824 la población de Calkiní, se elevó a la categoría de Villa y por su laboriosidad de sus habitantes el 30 de noviembre de 1918, se obtuvo el título de ciudad.
El nombre Calkiní es una palabra maya que significa “garganta del sol”. Se descompone en Cal (garganta) y Kin (sol) y el sufijo “i” que actúa como la preposición “de”. Existen otras versiones del significado como son “sacerdote sin cabeza”, “pueblo de sacerdotes” y “voz que manda”.
El emblema de Calkiní se creó en Abril de 1999.
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En la parte central, un arco hispánico de piedra, simboliza el sojuzgamiento del hombre maya ante el invasor. Tzab Canul, el mayor de los nueve hermanos, emerge del pozo Halim, fuente de vida; sus extremidades superiores, arboladas, techan el cielo en sinople (verde); sus cuatro ramificaciones en cada mano, la ampliación de sus dominios. En la parte inferior, dos manos sostienen una mazorca cada una en señal de tributo, fruto de la tierra, sustento y moldura original de la raza. En el contorno, jeroglíficos que intercalan alegorías artesanales: un cántaro, un sombrero, un libro abierto y una acuarela; el lenguaje antiguo, entremezclado con expresiones actuales de cultura. La figura está enmarcada por un par de pergaminos: la ciudad y el cacicazgo Ah Canul; de este último, surgen dos ramas de laurel (la victoria sobre el tiempo), que fluyen en sentido contrario, entre líneas solares que asemejan un sol en la base de un trofeo (orgullo del mestizaje frente al provenir). Abajo lleva el lema: Honestidad, Trabajo y Progreso.