El municipio de Calkiní se ubica al Noreste del Estado de Campeche, limita al sur con el municipio de Hecelchakán, al Norte y al este con el Estado de Yucatán y al Oeste con el Golfo de México. Presenta una altitud de 10 metros sobre el nivel del mar.

Tiene una extensión territorial de 1,966.57 km2. Representa el 3.45% de la superficie del Estado de Campeche.

El municipio de Calkiní cuenta con 17 localidades: Calkiní como cabecera municipal; Dzitbalché, Nunkiní y Bécal como Juntas Municipales; Concepción, Bacabchén, San Antonio Sahcabchén, Santa Cruz Pueblo y Tepakán como Comisarías Municipales; y el resto de las localidades como San Agustín Chunhuás, X'kacoch, Pucnachén, Santa María, Santa Cruz Exhacienda, San Nicolás, Tankuché e Isla Arena son agencias municipales, también en su territorio cuenta con Asentamientos Humanos:
La Fátima, Xnohlán y Chagnichén y 6 rancherías los cuales cuentan con una población nómada y por lo tanto, sin servicios básicos.